中统和军统的区别在于：

1、所属机构、管辖领域不同。中统是党中央的情报机构，中统主要管辖的就是国民党的党务问题以及全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。军统是直接属于国民党军队序列，军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门。

2、工作任务不同。中统的工作重心是监控国民党机关内部情况；打击一切国民党之外的党派；控制社会舆论和思想。军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

中统：中国国民党中央执行委员会调查统计局（简称为“中统（局）”）是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构，与“军统”并称国民党两大特务组织。“中统”的作战对象除了中共，还包括汪伪等蒋介石的敌对政治力量。1947年4月，中统改为“党员通讯社”1949年3月，又改为台“内政部调查局”，隶属于台当局行政管理机构。

军统：国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局，BIS），是中华民国情报机关之一。1938年成立，1950年解散的“中国台湾地区”情报机关之一。早期的领导人为戴笠，1946年，戴笠死后，由毛人凤继任。军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。1949年，军统主要机构撤至台湾。中华人民共和国中央人民政府对留在大陆的军统进行清洗，到五十年代中期，军统在大陆大致被肃清。