分公司可以独立开发票的。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县（市）的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。

发票内容一般包括：票头、字轨号码、联次及用途、客户名称、银行开户账号、商（产）品名称或经营项目、计量单位、数量、单价、金额，以及大小写金额、经手人、单位印章、开票日期等。实行增值税的单位所使用的增值税专用发票还应有税种、税率、税额等内容。

专用发票既具有普通发票所具有的内涵。同时还具有比普通发票更特殊的作用。它不仅是记载商品销售额和增值税税额的财务收支凭证。而且是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，是购货方据以抵扣税款的法定凭证，对增值税的计算起着关键性作用。

分公司和总公司发票的处理方法：

1、如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。

2、如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的。