1、诱发胃食管反流和胃溃疡。空腹时不能大量喝柠檬水，会造成胃酸过多，胃部疼痛的毛病，尤其是儿童和老人不能空腹饮用。人的血液pH值约7.35~7.45，柠檬约2~3，胃酸为1~2。虽然柠檬没胃酸酸，但仍会刺激食管和胃黏膜，并促进胃酸分泌。因此，不少人，特别是胃肠不好者，喝柠檬水（尤其是在空腹情况下）会出现胃痛、胃酸逆流、胃灼热、干咳等不适，成为胃食管反流和胃溃疡的诱因。

2、侵蚀牙齿表面的珐琅质。柠檬水的酸性非常大，特别容易腐蚀牙釉质，造成牙齿问题，让牙齿变得脆弱易蛀。

3、脱水。补水不够，摄入过量的柠檬则会对健康造成危害。柠檬也是一种天然利尿剂。如果及时补充流失的水分，柠檬有益于健康。

4、易形成肾和胆囊结石。柠檬含草酸盐，如果摄取过量，会在体内形成结晶，最终可能演变成肾结石和胆囊结石。

5、热水泡柠檬，胃病加剧。柠檬片泡热水，高温会使柠檬外皮释出更多鞣酸质，长期饮用易使胃收缩，导致胃痛及胃酸逆流加剧。