哈密瓜一株只能留一个瓜，哈密瓜结果时单个重量较重，结果数量超过两个瓜时会消耗多余的水分和养分，使哈密瓜的生长速度变慢，降低哈密瓜的个头，使果实的质量和产量下降。

哈密瓜的品种资源很丰富。按成熟期不同，分早熟、中熟和晚熟品种。早、中熟的称为夏瓜，晚熟的称为冬瓜。早熟的品种主要有黄旦子、纳西甘、一包糖、包孜可口奇、石甜401等，其特点是皮薄肉细，香味浓郁。中熟品种主要有红心脆多汁、肉厚细腻、清香爽口而博得人们喜爱。晚熟品种主要有黑眉毛密极干、青麻皮密极干、炮台红、青皮红肉、青皮冬瓜、黄皮白肉可口奇等。“黑眉毛”、“青麻皮”的特点是瓜肉呈淡青色，储藏后肉质由脆硬，逐渐变得绵软多汁、甜爽而又醇香。

哈密瓜分网纹皮、光皮两种。按成熟期分为早熟瓜、夏瓜（中熟）、冬瓜（晚熟）等品种群。不同品种的瓜，其形态、颜色、皮纹也不一样。常见的优良品种有红心脆、黑眉毛蜜极甘（瓜皮有深色条纹如秀眉，故称黑眉毛；“蜜极甘”，维吾尔语意为花裙子）、炮台红、铁皮、青麻皮、网纹香梨、哈密加格达、小青皮、白皮。