玉米茎腐病可用多菌灵可湿性粉剂、代森锰锌可湿性粉剂、百菌清可湿性粉剂、三唑酮乳油、苯菌灵可湿性粉剂喷雾防治。为了防止玉米茎腐病的发生，应清除田间病株残体，实行玉米与其它非寄主作物轮作，合理施肥和密植，加强栽培管理，及时防治好蚜虫、灰飞虱、玉米螟及地下害虫。如茎基发病，可将四周培土扒开，及时拔除重病株，发病盛行期过后再将士培好。

建议使用的药剂有：46%氢氧化铜、3%春雷霉素、3%中生菌素、40%噻唑锌、20%噻唑锌、30%噻菌铜、50%氯溴异氰尿酸（不可和有机磷混用）、3%的噻霉酮等。

在玉米生产上，引起茎腐病的原因有多种， 最重要的一类是真菌型茎腐病。 真菌茎基腐病是由多种病原菌单独或复合侵染造成根系和茎基腐烂的一类病害，主要由腐霉菌, 炭疽菌，镰刀菌侵染引起，在玉米植株上表现的症状就有所不同。腐霉菌生长的最适温度为23-25℃，镰刀菌生长的最适温度为25-26℃，在土壤中腐霉菌生长要求湿度条件较镰刀菌高。

玉米茎腐病如何预防：选用抗病品种进行种植是预防茎腐病发生的最有效措施。玉米细菌性茎腐病也由于在玉米连作地土壤内存在大量细菌而发病重，因此有条件的地方，应实行轮作倒茬，可防止土壤中病原菌的积累，有效预防病害的发生。使用包衣种子优质的种子包衣剂中既含有杀菌剂、杀虫剂也含微量元素，既能抵抗病原菌侵染，又能促进幼苗生长，增强抗病能力。