在PE中设置主引导分区的方法如下：

1、打开PE系统，进入BIOS设置界面，找到“Boot”选项，将其设置为“Legacy”或“UEFI”模式。

2、进入PE系统后，打开“磁盘管理”工具，选择要设置为主引导分区的硬盘，右键选择“更改驱动器号和路径”。

3、在“更改驱动器号和路径”对话框中，将“主引导设备”设置为“是”，并将“主引导文件”设置为“EFI”或“BOOTMGR”（根据您的BIOS设置选择）。

4、保存更改后，关闭“磁盘管理”工具，重新启动计算机，进入Windows安装程序。

5、在Windows安装程序中，选择“自定义（高级）安装”，并在“安装类型”中选择“USB安装”。

6、将Windows安装盘插入计算机，并在PE系统中选择“USB安装”。

7、在Windows安装程序中，选择“自定义（高级）安装”，并在“安装类型”中选择“USB安装”。

8、在“USB安装”向导中，选择“UEFI”或“Legacy”启动模式，并按照提示进行安装。

9、安装完成后，重启计算机，进入Windows系统，此时您的硬盘应该被设置为主引导分区，可以正常引导Windows系统。