移动硬盘删除文件以后还在的原因可能是：

1、文件系统错误：如果移动硬盘的文件系统出现错误，可能导致删除的文件仍在占用空间。此时，您可以右键格式化移动硬盘，或者下载分区助手，将移动硬盘分区删除后重新创建。

2、文件没有被真正删除：在删除文件时，有时候文件并没有被真正删除，可能是因为文件被其他程序占用或者文件属性设置为只读等。此时，您可以使用文件管理器或磁盘清理工具检查并删除这些文件。

3、病毒或恶意软件：有时候，电脑中存在病毒或恶意软件，这些软件可能会伪装成文件管理器或磁盘清理工具，导致删除的文件仍在占用空间。此时，您可以使用杀毒软件或反恶意软件工具进行检查和清除。

如果您遇到上述问题，可以尝试以下方法解决：

1、检查移动硬盘的文件系统是否正常，如有错误可以进行格式化或者使用分区助手进行修复。

2、使用文件管理器或磁盘清理工具检查并删除占用空间的文件。

3、使用杀毒软件或反恶意软件工具进行检查和清除可能存在的病毒或恶意软件。

4、如果问题仍然存在，您可以尝试备份重要数据后格式化移动硬盘并重新使用。