杭州站与杭州东站主要区别在于位置不同、车站性质不同、成立时间不同。

1、所在地区不同：杭州站是位于杭州市的上城区境内，是属于上海铁路集团所管辖的一座一等客运站点。杭州东站是位于杭州市的江干区，是位于江干区的全福桥路2号。

2、车站性质不同：杭州东站（高铁站、枢纽站、中转站）；杭州站（客货站、高铁、普铁站）。

3、成立时间不同：成立的时间不同，杭州站成立于1906年，也就是清朝光绪的32年，最初是叫清泰门站点，后来又改建成为杭州站，是杭州地区最早的一座火车站，先后杭州站经历过三次重建和迁址。杭州东站建造的比较晚，最初是建造于1992年，后来又经过了扩建和改建，到2014年，正式建成了现在的规模。

杭州站班次情况：高铁班次有20个班次，如G7633、G1890、G7353、G7355、G7357等；动车班次有26个班次，如D5405、D5411、D5417、D2194、D712等；城际班次有9个班次，如C402、C403、C404、C491、C496等；直达特快列车有8个班次，如Z88、Z45、Z178、Z282、Z284等；特快列车有6个班次，如T112、T114、T326、T328、T7785等；快速旅客列车有68个班次，如K4645、K4235、K168、K656、K1050等。

杭州东站班次情况：高铁班次有557个班次，如G284、G7602、G1395、G7313、G998等；动车班次有105个班次，如D3126、D2246、D3201、D5577、D3308等；城际班次有6个班次，如C405、C406、C412、C413、C414等。