白鳍豚是很古老的动物，根据化石考证的结果，至少在4000万年的中新世和上新世就已经存在，比大熊猫还要古老，是真正的活化石。与其他鲸类一样，它原来也是陆地上的动物，由于环境变迁，再次回到水中。

白鳍豚在第三纪中新世及上新世就已经出现在中国长江流域。1981年9月，中国地质学家在广西桂平发现了一块下颌骨化石片段。这件下颌骨化石属于一种古老的白鱀豚，称为原白鱀豚。

白鳍豚化石记录着原白鱀豚在大约2000多万年前的古老性状，与现今的白鱀豚相比变化不大。白鳍豚依然保留着不少原白鱀豚的骨骼位置。白鳍豚之所以进化缓慢，可能是因为过去的生存竞争或环境变化较少的缘故，从而保留了祖先的古老形状，因此被称为活化石、水中大熊猫。

白鳍豚皮肤光滑细腻，富有一种特殊的弹性，原理与竞赛式游泳衣着中使用具有弹性的尼龙织料相同，能够减少在水中快速游动时身躯周围产生的湍流。新生幼体体色略深，成年白鱀豚一般背面呈浅青灰色，腹面呈洁白色。水平伸展的鳍肢和尾鳍上下两面分别与背面和腹面同色，这样的颜色分布恰好与环境颜色相符。当由水面上向下看时，背部的青灰色和江水混为一体。