文昌鱼作为脊索动物门，头索动物亚门幸存物种，文昌鱼的肉质滑嫩，口感鲜美，经过研究，文昌鱼的蛋白质含量高达19.05%，它含有人体所需的8种氨基酸，曾被列为渔业的重要发展对象。在我国福建厦门沿海渔民自古就有打捞文昌鱼的传统。当地渔民代代相传，每年福建省南传奇中的文昌鱼出现在文昌帝君生日前，因此被称为文昌鱼。

文昌鱼皮肤薄而半透明，由单层柱形细胞的表皮和冻胶状结缔组织的真皮两部分构成，表皮外覆有一层角皮层。表皮外在幼体期生有纤毛，成长后则消失。文昌鱼尚未形成骨质的骨骼，主要是以纵贯全身的脊索作为支持动物体的中轴支架。脊索外围有脊索鞘膜，并与背神经管的外膜、肌节之间的肌隔、皮下结缔组织等连续。

文昌鱼前端有眼点，为视觉器，下为前庭及口口叫口笠。前庭周围有40条口须，在咽的两侧有垂直的鳃裂，文昌鱼在它胚胎时鳃裂只有8对，到了成体却增加到180对。文昌鱼的鳃裂不直接通向体表面开孔，而被皮肤和肌肉包裹着，形成一对特殊的围鳃腔。

文昌鱼是适合在温暖海中的动物。它半截下身埋在沙中，仅以前端露出沙外，白天半截身体躲在沙砾之中，在阳光之下，摇摇摆摆，依赖水流带来浮游生物及硅藻、植物供它吃食，这种被动式的摄食方式，说明它的低级性，也就是说明它在进化中低于脊椎动物。