武警第二机动总队的机关驻地在福建省。主要下辖16个支队：机动第一支队、机第二支队、机动第三支队、机动第四支队、机动第五支队、机动第六支队、机动第七支队、机动第八支队、机动第九支队、特战第一支队、特战第二支队、交通第一支队、交通第二支队、交通第三支队、直升机支队、工兵防化支队。

武警第一机动总队、武警第二机动总队是武警部队改革后设立的两个武警机动总队，由武警部队原14个武警机动师组建而成，为军级建制，任务区域分别为黄河以北和黄河以南。武警第一机动总队的机关驻地在河北省，同样下辖16个支队，但是和武警第二机动总队略有不同，那就是多一个特战支队，却少一个交通支队。

在任务性质上，武警第一机动总队、武警第二机动总队并不承担监狱看守、重要固定目标警戒/巡逻等任务，而是专门一心一意搞训练，且大多是野战训练、跨区机动训练和防暴对抗训练。这和武警机动总队继承了武警机动师的任务和使命有关，那就是主要负责处置大规模突发事件和反恐突击战、跨区域机动支援作战等。